ارزیابی in silico کمپلکس میوستاتین-فولیستاتین، پتانسیل مهار متقابل بین گونه‌های انسان و اسب را نشان می‌دهد

نوع مقاله : مقاله کامل

نویسندگان

1 گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران.

2 Ferdowsi University of Mashhad

چکیده

مقدمه و هدف: هدف از مطالعه ی حاضر، بررسی بیوانفورماتیکی اتصال بین فولیستاتین و میوستاتین از طریق روش های داکینگ مولکولی بوده تا بتوان اثر مهارکنندگی فولیستاتین های مختلف را روی میوستاتین در اسب و انسان بررسی کرد. روش کار: ابتدا توالی‌های پروتئینی ایزوفرم های غالب از پایگاه داده UniProt استخراج و با استفاده از سرور SWISS-MODEL ساختار آن ها مدل‌سازی شد. بهینه‌سازی انرژی با استفاده از سرور YASARA انجام و کیفیت مدل‌ها توسط سرور SAVES ارزیابی شدند. سپس، ساختارهای مدل‌سازی‌شده با استفاده از نرم‌افزار HDock برای بررسی امکان برهم‌کنش، ارزیابی شدند. دو نوع اتصال بین میوستاتین و فولیستاتین انسان، میوستاتین و فولیستاتین اسب به عنوان شاهد، و نیز دو نوع اتصال بین گونه ای میوستاتین انسان و فولیستاتین اسب و در نهایت میوستاتین اسب و فولیستاتین انسان بررسی شدند. یافته ها: نتایج نشان داد که اتصال بین میوستاتین و فولیستاتین در هر دو گونه اسب و انسان با موفقیت و در ناحیه صحیح انجام شد. اگرچه برهم‌کنش بین میوستاتین و فولیستاتین انسان تعداد پیوند هیدروژنی بیشتری را نشان داد، اما برهم‌کنش درون‌گونه‌ای اسب پیوندهای هیدروژنی قوی تری را ایجاد کرد که به تبع سطح انرژی منفی تری داشت. همچنین، در تعامل بین میوستاتین انسان و فولیستاتین اسب، چهار پیوند مشترک با گونه انسانی مشاهده شد که نشان‌دهنده امکان اتصال بین این دو گونه است که تمایل نسبتاً بالایی برای اتصال مشاهده شد (امتیاز داکینگ 308.35-). همچنین، برهم‌کنش بین میوستاتین اسب و فولیستاتین انسانی نیز نسبتا قوی بود (امتیاز داکینگ 267.41-). تجزیه و تحلیل ساختاری، شواهد مولکولی‌ای را برای پشتیبانی از این مهار متقاطع احتمالی فراهم کرد. نتیجه گیری: با توجه به نتایج ممکن است بتوان علاوه بر فولیستاتین اسب، از فولیستاتین انسانی برای مهار میوستاتین اسب استفاده و در نتیجه افزایش توده عضلانی را انتظار داشت. البته نتایج این پژوهش قطعا به تایید آزمایشگاهی نیاز دارد.

کلیدواژه‌ها

موضوعات


عنوان مقاله [English]

In silico Assessment of the Myostatin-Follistatin Complex Suggests Potential for Cross-Species Inhibition Between Human and Equine

نویسندگان [English]

  • Seyed Reza Moshir Khadem Astaneh 1
  • Mohammadreza Nassiri 1
  • Ali Javadmanesh 2
1 Department of Animal Science, Faculty of Agriculture, Ferdowsi University of Mashhad, Mashhad, Iran.
2 Ferdowsi University of Mashhad
چکیده [English]

Introduction and Aim: Inhibition of myostatin gene in animal species shows different effects. Inhibition of this gene in horses is related to running speed, and in mouse, sheep, goat and cow will increases strength and muscle mass, and reduces fat tissue. Therefore, the aim of the present study is to investigate the possibility of binding between follistatin and myostatin in horse and human through molecular docking methods. Methods: Dominant isoforms of protein sequences were obtained from the UniProt database and their structure was modeled using SWISS-MODEL server. Energy optimization was performed using the Yasara server and the quality of the models was evaluated by the Saves server. Then, the modeled structures were docked using HDock server to investigate the possibility of interaction. Four connections between human myostatin and follistatin, horse myostatin and follistatin, human myostatin and horse follistatin, and finally horse myostatin and human follistatin were investigated. Hydrogen bonds were also analyzed with Pymol and LigPlot softwares. Results: The results showed that binding between myostatin and follistatin was successfully performed in both horse and human species. Although the interaction between human myostatin and follistatin showed a greater number of hydrogen bonds, the horse intraspecific interaction produced stronger hydrogen bonds, with a more negative value. Also, in the interaction between human myostatin and horse follistatin,four common bonds with the human species were observed, which indicates the possibility of binding between these two species, where a relatively high affinity for binding was observed (docking score -308.35). Also, the interaction between horse myostatin and human follistatin was relatively strong (docking score -267.41).Structural analysis provided molecular evidence to support this possible cross-inhibition. Conclusion: The results indicated the possibility of application of human follistatin to block horse myostatin and as a result, an increase in muscle mass. This research should be validated with experimental studies.

کلیدواژه‌ها [English]

  • myostatin
  • follistatin
  • horse
  • muscle tissue
  • molecular docking