نوع مقاله : مقاله کامل
نویسندگان
1
گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
2
استادیار گروه علوم پایه، دانشکده دامپزشکی دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
3
گروه میکروبیولوژی و بهداشت مواد غذایی ، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه لرستان، خرم آباد، ایران
چکیده
ویروس سندرم لکه سفید(WSSV)، به عنوان یکی از شایعترین و کشندهترین پاتوژنها در جمعیت میگو در سطح جهان ظاهر شده است. این ویروس با اتصال به سطح سلولهای میگو از طریق پروتئین VP28 میتواند وارد بدن شده و باعث بروز عفونت شود. در این مطالعه به منظور شناسایی پپتیدهای ضد ویروسی مهارکننده پروتئین VP28، 39 پپتید ضد ویروس از سرور CAMPR3 استخراج شد. مطالعه حاضر با بررسی مجدد آنتیمیکروب (AMP) بودن هر یک از پپتیدها توسط سرور Peptide Scanner شروع و با ارزیابی ویژگیهای فیزیکوشیمیایی، حلالیت، آلرژنیک بودن و همچنین سمیت پپتیدهای ضد ویروسی به ترتیب توسط سرورهای ProtParam ، ProteinSol AllerTOP، ToxinPred پیش رفت. در ادامه ساختار سوم پپتیدهای غربال شده از مراحل قبل که شامل Ginkbilobi، Circulin-F، Cycloviolin-A، Cycloviolin-D، Circulin-C، Kalata-B8 و Antiviral protein Y3 هستند، توسط سرور I-TASSER پیشبینی شد. نتایج فرایند داکینگ مولکولی نشان داد که پپتیدهای مذکور به ترتیب 4، 1، 2، 0، 1، 4 و 10 پیوند هیدوژنی با پروتئین VP28 تشکیل دادهاند. این درحالی است که هریک از آنها به ترتیب دارای 50/25، 38/41، 71/38، 67/36، 33/33، 13/16 و 08/36 درصد اسید آمینه آبگریز هستند. در نهایت، با توجه به نتایج پپتید Antiviral protein Y3 را میتوان به عنوان اولین انتخاب و پس از آن نیز پپتیدهای Ginkbilobin و Kalata-B8 را به عنوان مناسبترین و امیدوارکنندهترین گزینهها درنظر گرفت. بنابراین پپتیدهای مذکور را بعد از انجام مطالعات دینامیک مولکولی میتوان برای بکارگیری در مطالعات in vitro و in vivo روی مهار ورود WSSV به میزبان میگو و سپس جلوگیری از بروز عفونت توسط این ویروس پیشنهاد داد.
کلیدواژهها
موضوعات
عنوان مقاله [English]
Inhibition of White Spot Syndrome Virus in Shrimp using Antiviral Peptides: a Bioinformatics Investigation
نویسندگان [English]
-
Narges Nazifi
1
-
Abdolhossein Jangaran Nejad
2
-
Amin Jaydari
3
1
Department of Basic Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University, Khorramabad, Iran.
2
Department of Basic Sciences, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University, Khorramabad, Iran
3
Department of Microbiology and Food Health, Faculty of Veterinary Medicine, Lorestan University, Khorramabad, Iran.
چکیده [English]
The White spot syndrome virus (WSSV) has emerged as one of the most prevalent, widespread and lethal pathogens in shrimp. The virus gains entry into the shrimps trough binding membrane protein VP28,thereby initiatingan infection. The present study started with a re-examination of the antimicrobial properties of each peptides by the Peptide Scanner server. This was followed by an evaluation of the physicochemical characteristics, solubility, allergenicity, and also the toxicity of the antiviral peptides by the ProtParam, Protein-Sol, AllerTOP,and ToxinPred servers respectively. Subsequently, the third structure of peptides identified in the preceding steps, comprising Ginkbilobin, Circulin-F, Cycloviolin-A, Cycloviolin-D, Circulin-C, Kalata-B8 and Antiviral protein Y3, was predicted by the I-TASSER server. The results of the molecular docking process of each peptide with VP28 protein showed that the mentioned peptides formed 4, 1, 2, 0, 1, 4 and 10 hydrogen bonds with VP28 protein, respectively. In addition, each of them contains 25.50, 41.38, 38.71, 36.67, 33.33, 16.13 and 36.08 percent hydrophobic amino acids, respectively. Ultimately, the Antiviral protein Y3 peptide is the most promising option, followed by Ginkbilobin and Kalata-B8 peptides, due to its length, the presence of hydrophobic amino acids, and the number of hydrogen bonds formed with the VP28 protein. Consequently, following the completion of the molecular dynamics studies, it is recommended that the aforementioned peptides be employed in in -vitro and in vivo investigations aimed at impeding the invasion of WSSV into the shrimp host and subsequently preventing infection.
کلیدواژهها [English]
-
Antiviral Peptides
-
VP28
-
White Spot Virus Syndrome
-
Bioinformatics
)